后来，毛泽东同意了张劲夫的意见。1957年9月8日，中共中央发出了《关于自然科学方面反右派斗争的指示》。这份指示说，对于那些有重大成就的自然科学家和技术工作人员，除个别情节严重非划不可者外，应一律采取坚决保护过关的方针。

1957年6月9日，《光明日报》发表了曾昭抡、钱伟长、华罗庚、童第周等五位科学家的署名文章《对于有关我国科学体制问题的几点意见》。很快，这份意见被批判成“一个反社会主义的科学纲领”。

不久，曾昭抡(时任高等教育部副部长)、钱伟长(时任清华大学副校长)分别被他们所在的高等教育部和清华大学划成右派，与费孝通、黄药眠、陶大镛、吴景超等一起，成为当时闻名全国的右派“六教授”。

但华罗庚(时任中国科学院数学所所长)和童第周(时任中国科学院动物所所长)却在中国科学院逃过一劫。罗伟记得，科学院领导只是找二人谈了谈话，让他们做些检查，但一律不划右派，不搞批斗。这与张劲夫有意识地保护是密不可分的。不仅如此，张劲夫还专门找到清华大学校长蒋南翔，请他不要定钱伟长右派，因为当时钱伟长还兼任中国科学院力学所副所长，但蒋南翔没有听。

曾昭抡、钱伟长头上的“右派分子”帽子，一直到1980年才得以脱去。

“劳动人民的知识分子”

1962年2月，全国科学技术会议在广州召开。

会议原定讨论新的科学规划，但在讨论过程中，话题逐渐集中到知识分子的政策问题上。

吴明瑜也参加了那次会议。据他回忆，周恩来在会上做了一个讲话。在讲话前，周非常谨慎，事先在宾馆里查阅了很多资料，还与身边的人商量，该如何回答提问。

最后，周恩来在讲话中说，知识分子虽然从事的是脑力劳动，但与体力劳动者只是分工上的不同，也是为人民服务，是“劳动人民的知识分子”。但他同时也强调，知识分子不能忘本，虽然现在是劳动人民的知识分子了，但过去接受过资产阶级的教育，还需要继续改造。为了说明不忘本，周恩来还打比方说，我出生在绍兴，成长在淮安，所以有人问我是哪里人，我就说是江浙人。

周恩来的话让在场的科学家们很高兴，著名声学家马大猷兴奋地说，“听完总理的话，如坐春风”。

随后，陈毅副总理又在会上，做了著名的“脱帽加冕”的讲话——给知识分子脱去资产阶级的帽，加上无产阶级的冕。他说：“有些人说，我们跟共产党走了12年，共产党总是不相信我们，还是把我们当成外人看待。这样下去怎么行呢？这个问题必须解决……你们是人民的科学家、社会主义的科学家、无产阶级的科学家，是革命的知识分子，应该取消资产阶级知识分子的帽子。今天，我跟你们行‘脱帽礼’。”这一番讲话，感动得在场的科学家热泪盈眶。

但在当年六七月的北戴河会议上，毛泽东否定了周恩来和陈毅的讲话，刚刚脱下的“资产阶级”帽子又重新戴在了知识分子的头上。

“文革”时期，对知识分子实行的错误政策越演越烈。

物理学家何祚庥在接受《中国新闻周刊》采访时说：“当时，科技人员被强制要求参加各种政治运动，绝大多数科研工作被迫中断。”中国科学院上海植物生理研究所360名职工，被打成“特务”的竟然有142人之多。当时在中国科学院数学研究所工作的杨乐回忆说：“差不多所有从海外回来的知识分子，都被怀疑成派遣回国的特务，接受审查，不同程度地受到压制，甚至是迫害。”

在那段特殊的时期，知识几乎成了罪恶，知识分子几乎就是罪犯，被打入社会底层。杨乐对《中国新闻周刊》回忆说，在“文革”期间，正常的学术职称评定全部被取消，基本上没人提及，因为“它被看成是一种带有侮辱性的称号”。