至于“冤杀”一说。袁崇焕死后14年，大明帝国也走到了尽头。崇祯十七年(公元1644年)四月二十五日黎明，李自成率民军攻入北京，内外交困的崇祯帝吊死于煤山，历经十六帝276年的大明王朝终结。“国破思良将，危难识忠臣”，南明建立后，先是福王朱由崧在南京建立弘光政权，称弘光帝，粤(广东)人主事梁稷、中书邝露为袁崇焕陈冤求雪，得服爵赐葬。后桂王朱由榔在粤建立永历政权，称永历帝，复锡谥日“襄愍”。

　　南明两代，反复平反此冤案，时当国事繁忙，大乱当前，有阉党作孽在朝，又有徐石麒“奏为矫诬先帝者悖之极”的维护明思宗“圣明论”在阻梗，却能决然平反，实属了不起的大事，可见这一行动深得人心，出于平冤呼声高涨，冤情早已大白，压力之大，平反此案成为刻不容缓的事。出于抗清复国的需要，承认袁崇焕被枉杀，谥号为“襄愍”，袁崇焕在天之灵聊以慰藉。

　　袁崇焕后代今何在

　　袁崇焕含冤磔死，只剩骨骸，相传其部属佘义士(义仆佘信)窃出其尸首葬于广东旧义园(今北京东花市斜街)，并终生守墓不去。佘氏死后亦葬督师墓旁，数百年后的今天，佘义士的第十七代后人，仍在北京为袁崇焕守墓，堪称世界奇事。袁崇焕死后，究竟有无后代留存?史载、族谱记录不一，致使后世众说纷纭，成为历史悬案。

　　三种传说各有来源

　　据《崇祯长编》载：“依律家属十六以上处斩，十五以下给功臣家为奴，今止流其妻妾子女及同产兄弟于二千里外，余俱释不问。”又诏“在辽者，徙流浙，改复黔；在籍者流闽。”

　　《明史·列传一百四十七·袁崇焕》载：“兄弟妻子流三千里，籍其家，崇焕无子，家亦无余赀，天下冤之。”余大成《剖肝录》云：“身死门灭”；程本直《漩声记》云：“身凌迟也，后嗣绝也。”此均说袁崇焕无子。据袁崇焕过继元孙袁炳撰于乾隆四十八年(公元1783年)的《袁氏族谱》记载，袁崇焕含冤被杀、诛连亲族时，袁崇焕的莲塘村屋宅及同产兄弟家都一一被抄家、烧屋和流放。袁崇焕一家，妻黄氏于住宅后飞鼠岩石台上投江自尽，尸浮在村下游的河滩上悲忿地回旋7天不去，后漂到下游数十里的赤水榕潭峡(古称赤峡)停下，为当地广惠寺僧人捞起埋葬于寺附近。母何氏年近七旬，老免流放，因莲塘屋宅已被焚毁，便回潆江圩袁屋坪的几间旧屋居住，死后就地安葬(现墓尚存)。崇煜与崇焕8岁的女儿等被流放到福建邵武县，袁崇煜在流放途中作了《问天赋》，向上苍昭告他哥哥的冤情，正如袁氏后裔袁珏诗中所说：“弱弟问天天已死，寡妻赴水水无声。”堂弟袁崇烨一家被流放江西信丰县。族叔袁端一(袁天赦父)一家也被徙江西信丰县。后来袁崇煜一家人被流放后一去无消息，其小女也没有下落。此说袁崇焕只有女儿，没有男丁，过继了兄弟之子。

　　另传，袁崇焕罢官回籍重新被起用时，带妾阮氏与长女赴任，留居山海关。袁崇焕被磔杀后，其妾阮氏及子女徙三千里，在流放之列。袁崇焕的女儿失去了依靠，流浪街头，袁崇焕部下佘某(佘信)盗取其尸首葬于京城广东旧义园，并收养了袁崇焕的女儿。适逢锦衣卫疯狂搜捕袁崇焕后人，佘信见关内存身不住，只好将袁崇焕的女儿偷偷送出关外，投奔皇太极。皇太极很喜欢这个聪明伶俐的小姑娘，又闻知她是袁崇焕的女儿，便收她做儿媳，指给自己的大儿子、后来的肃亲王豪格为侧福晋，就是后来的敏妃袁佳氏。史载袁佳氏“庄敬聪慧，词气婉顺”，是一代贤妃，不愧是袁督师的后人。后来豪格被多尔衮所杀，按律家属要与披甲人为奴，但多尔衮敬重袁佳氏是袁崇焕之后，特别赦免了她，让她出家做了尼姑，青灯黄卷，了却一生。其庵堂就在北京崇文门附近，离袁崇焕当年被杀的地方不远。又传，佘信后与袁女成亲，指天为誓，要让后代终生守墓。此为一说。

　　袁崇焕故里相传，袁崇焕生有三子兆基、兆填、兆埍，因胞兄崇灿婚久无育，遂将兆基过继给崇灿以引子息，兼祚两房(因此也有人认为兆基是崇灿子)。崇灿死于崇焕被杀之前，崇焕死后，兆填、兆埍藏匿于白马附近村中，崇煜则带兆基刚想逃回东莞躲藏，即被锦衣卫捕捉流放福建邵武。其《家谱》袁崇焕排系为：

　　(一世)世祥——(二世)西堂——(三世)子鹏，子腾——(四世)崇灿、崇焕、崇煜，崇炜、崇烨——(五世)兆基、兆填、兆埍，兆勋、兆始……

　　崇祯五年(公元1632年)，袁兆基与族兄袁天赦在流放中逃亡。崇祯帝再度严令通缉袁崇焕子女亲属，并大肆搜捕袁崇焕族人。崇祯帝给袁崇焕定罪时虽有“其家属当依律正法，姑赦不论”的表示宽大慈心的谕旨，但这其实是欺骗世人的假象。他严令锦衣卫对袁兆基疯狂追捕，对袁天赦也不肯放过，把他定为“罔赦之罪”，行文梧州府藤县，“严限白马堡地方保甲、亲属勒限挨缉”，“将袁天赦绘形悬赏”。直至崇祯九年(公元1636年)，当时藤县知县梁昌“奉文严缉”，报称袁天赦“母、弟、妻室则毙于郡狱矣，求其子戚，则见监府监矣，求其亲友、地邻，则转徙流离矣”。梧州府知府谢君惠申报：“为一逆奴，五年莫结。始而累及白马堡一方，继而累及粤西全省，若再追求无已，只令监者为狱之瘐鬼。”袁兆基逃过锦衣卫的追捕，藏匿一段时间后加入流民反明阵营，于崇祯十五年(公元1642年)带“匪兵”于山东大肆劫掠，明亡后不知所踪，或说隐居河南。此为二说。

　　又据《东莞县志》载：“袁督师无子。相传下狱定罪后，其妾生一子，匿都城(今北京)民间。大兵入关，为满州某所得，隶籍于旗。”又说：新安陈国泰尝与人言，昔在江南军营时，参领富明阿问：“新安与东莞县邻，督师宗裔如何?”答以“督师祖茔去敝乡不远，清明、重九，敝乡代为祭扫，盖无宗裔矣!”富问之，次日，即与通谱，密语曰：“余督师几世孙也，尔祀我祖，与兄弟何异?宜告乡人好为之!”此说颇为可信，袁崇焕有子是在他被诛后，妾有一遗腹子。但为何在乾隆时查问尚无后裔?这是因为袁崇焕的惨死，亲族都被发配到千里之外，袁妾既隐匿民间，以袁崇焕为抗清(后金)名将(与清有世仇)，不敢暴露自己的身世，深恐有所不利。这是一个可以理解的理由。另一个理由是说袁崇焕的遗腹子名叫文弼，流寓外地，因有军功，编入宁古塔正白旗。宁古塔(今黑龙江宁安)离北京很远，一纸公文，或未及闻见，也是常有的事。张江裁所撰《袁氏世系》如下：