| |||
在这“存辽弃辽”的关键时刻，袁崇焕再一次据理力争，指出：“三城(锦州、右屯、大凌河)已复，安可轻撤。锦、右动摇，则宁、前震惊，关门亦失保障。”高第决定孤注一掷，强令袁崇焕撤离宁远。袁崇焕大义凛然地说：“我宁前道也，官此当死此，我必不去!”拒绝弃城出逃。但是，更为不幸的是，此时朝中主昏政暗，魏忠贤阉党权势熏天，专制朝政，左副都御史杨涟疏劾魏忠贤24条罪状，反遭其陷，导致首辅叶台山、次辅韩(火广)相继遭罢黜，吏部尚书赵星南等朝臣获狱被逐，一时朝政废弛，殃及边关。
天启六年(公元1626年)正月，后金侦察得知明朝经略已易，于是，努尔哈赤率大军西渡辽河，克锦州、凌河、松山等，接着以重兵包围宁远孤城。袁崇焕即召集众将商议对策，部署方略，决定死战。这是一场惊心动魄的恶战，一连血战三天三夜，终于打退努尔哈赤号称20万大军的进攻，保住了宁远城。激战中，敌主帅努尔哈赤亲临前线指挥，袁崇焕在敌楼上看见，即命炮手将从福建运来的红夷大炮瞄准炮轰，击毙其坐骑，努尔哈赤也被击伤坠马受了重伤，这是其挥师南下大小数十战惟一的失败，不久即在忿恨、抑郁中死去。这次战役明军以少胜多，取得抗击后金的首次胜利，史称“宁远大捷”。袁军因此威震边关，袁崇焕也因功绩卓著晋升辽东巡抚，其父子鹏赠兵部右侍郎右佥都右御史副使，嗣子兆基原荫锦衣卫千户加封世袭锦衣卫指挥佥事。
天启七年(公元1627年)五月，努尔哈赤之子皇太极誓师报仇，亲率10万大军西下，攻锦州。身为辽东巡抚的袁崇焕闻讯，即召集众将部署战务，一面令将士死守锦州，一面令宁远守军坚守待敌。还令诸将分派各地，坚壁清野，相机战守，会同关门镇臣节节防御，务必将修筑多年的宁远防线牢牢守住。锦州被围打得尤为惨烈，明军执行袁崇焕“守为正著”的军事策略，据城死守，每战必胜，使后金屡攻不下而受挫。
是月二十八日，皇太极转而集中力量战于宁远，在灰山、窟窿山、首山一带分成九营，形成对宁远城包围之势。袁崇焕率将士奋起迎战，他刺写血书激励将士，并命令运用红夷大炮轰击，又遣城外以骑兵野战，以战车拒敌，勇猛拼杀，“相机攻剿”，后金兵伤亡惨重，难以靠近城下。袁崇焕虽受利箭射伤，血染战袍，但他昼夜督战于城楼上。次日，皇太极又组织连番进攻，竟未能越城池一步，遂率军撤离宁远，退向锦州，锦州守军不以后金威迫利诱所动，凭借坚城深壕，配以火炮利箭顽强抵抗，重创敌军。经过将近1个月的血战，明军伤亡过半，但城池岿然不动，皇太极更是损兵折将，剩下不足5万人，不得不下令撤军退回沈阳。这是袁崇焕坐镇后明军对后金的第二次大血战，获得了震动关内外的又一次重大胜利，史称“宁锦大捷”。
两次大战之后，家乡朋友专程来边关探望他，告诉他命里有灾劫，功高必招损，应急流勇退，明哲保身。袁崇焕不以为然，临别，赋诗《边中送别》以赠，诗云：
五载离家别路悠，送君寒浸宝刀头。
欲知肺腑同生死，何用安危问去留。
杖策只因图雪耻，横戈原不为封侯。
故园亲侣如相问，愧我边关尘未收。
此首赠别诗，既表达出他对友人的关怀和深挚情感，同时也表明自己以身许国、矢志边关的豪迈胸襟。他明白地向好友倾吐肺腑之言：自己远离家乡亲人，数载戍边，其命运已同边关之安危紧紧地系在一起，自己镇守边关抵御强敌，只是为了江山社稷的安危和洗雪遭受异族入侵的耻辱，个人生死早已置之度外，更无所谓考虑个人的去留问题。万万没想到的是，这首慷慨豪迈的诗篇竟成为后来他被处以磔刑的“罪证”之一。
广宁战役后，袁崇焕自请督师在辽4年，辛苦经营，收复失地700里，初步稳住了辽东形势。尤其是“宁远大捷”后，后金闻袁崇焕之名也为之胆寒，边事暂且得以安宁。袁崇焕虽然取得如此重大战绩，无奈阉党专权，“建功受嫉，无功受禄”，兵部议叙宁锦之捷，有功者达六千余人，魏忠贤等内官以“筹边胜算”获首功，连魏忠贤从孙魏鹏翼年仅4岁，也被封为安平伯，“文武冒滥增秩赐荫者数百人”。辽东军民和袁崇焕浴血战斗换来的捷报，却成为阉党弹冠相庆，升官晋级的资本，而指挥这场殊死战役的辽东巡抚袁崇焕却因捷遭怨，居功不赏，还遭到宦官的勒索。边关拖欠官兵饷银已经两个多月，监军太监却要他准备财物孝敬阉党魏忠贤以祝寿辰，被他婉言拒绝了，但监军太监却怀恨不已。
天启七年(公元1627年)七月，袁崇焕在内外猜忌、威逼之下，遂被迫引病辞职，上《乞休疏》以病由请辞回归故里。阉党旋即趁机矫旨“准其回籍调理”，遂将袁崇焕罢职回籍。七月，袁崇焕离辽还乡，沿大运河南回，沿途考察民风，游览胜迹，写下了《韩淮阴侯庙》、《夷门》、《上蔡县》、《太白楼》等诗篇，以诗言志，来表达自己对世事、对人生的深切感悟。
袁崇焕立了大功反而遭免职罢官，心情特别不好。据当地老人讲述，袁崇焕由桂林乘船下桂江回藤县途中，经过昭平县马峡时，驻足游览了杨文广炮台和将军庙。此时，将军庙虽然残旧，但往来商客祭祀尚有，而炮台仅余遗址，心中感慨。袁便在石壁上当场题了一首七律《过杨文广炮台有感》：
