六月二十五日，宁远守军因拖欠4个月粮饷而发生哗变，守兵将辽东巡抚毕自肃、总兵朱梅、推官苏涵等被绑缚于鼓楼，捶击交下，毕自肃重伤。八月六日，袁崇焕星夜驰抵山海关视事，翌日赶赴宁远城，查处哗变事由，惩戒渎职将官，安抚军心，宁远兵变很快得以平息。他随即着手整饬边务，重建辽锦防御体系。

　　这时，锦州、杏山、高桥三城及十三站以东21座墩台俱被后金摧毁，袁崇焕即选任将官，指挥军民一一修缮城池，又招募流民充实队伍，于城头配置火炮，严阵以待来犯之敌。又严令各处将官听从调遣，互相配合，以克期复辽。其中东江总兵毛文龙，自恃军功卓著，朝中又有权臣支持，不听调度。袁崇焕与其推诚相谈，晓以大义，希望他以国家为重，恪守纲纪，共图复辽大计。但毛文龙刚愎自用，公然提出要以旅顺为界，分开节制。袁崇焕劝诫无果，遂以尚方宝剑，列其12条罪状将其斩杀于双岛。

　　在袁崇焕的严令整治下，辽东各城得以恢复，形成了坚强的防御体系，后金不敢再轻易攻掠，边事一时安宁下来。

　　浴血奋战保卫京城

　　皇太极始终以倾覆大明，入主中原为志。但从山海关至宁远一线有袁崇焕镇守，难越雷池一步，便决定绕道进攻。崇祯二年(公元1629年)十月二日，秋高马肥时节，皇太极亲率10万军大举进犯明朝，他以蒙古喀喇沁部台吉布尔噶都为向导，绕开袁崇焕山海关防线直取北京。二十六日，分兵两路直奔永平府属龙井关和遵化县属大安口，仅3日时间，沿途诸多隘口全部被攻破，后金兵势所向披靡，京都顿陷危急。二十九日，袁崇焕从宁远往山海关途中闻讯，调集兵力分日夜兼程奔赴各处接应，截击敌兵。十一日，袁崇焕亲率九千骑兵星夜驰援京师，誓死保卫北京。

　　翌日，崇祯帝得知袁崇焕率军勤王，遂下旨各镇援兵统归袁崇焕指挥，并加封袁崇焕太子太保，服、俸从一品。十七日，袁崇焕见敌情严重，勤王心切，便不顾朝廷“非禁卫军不得入京畿”的禁忌，率所带九千骑兵从河西务直抵广渠门外。时值寒冬饥馑，袁崇焕严令官兵露宿扎营，不许一兵入民家，即野外英勇献身，亦不得伤损。为严肃军纪，一兵士“擅取民家饼，当枭即首”。二十日，后金军兵临城下，袁崇焕与祖大寿率兵迎敌，经一整天浴血奋战，拼死抵抗，后金军溃不成军，退却30里扎营待援。二十七日，皇太极亲率劲旅围攻左安门，袁崇焕率军与之激战。明军竖立栅栏，列队守战，后金军轮番进攻至傍晚竟不能突破。皇太极深知袁崇焕兵略，退回南海子休整。袁崇焕遂即选派500名火枪手潜入南海子，距敌营1里多时，四面攻打，敌营顿时大乱，慌忙撤出南海子。

　　皇太极见强攻不下，各地勤王之师又不断赴至京城，料定只要有袁崇焕指挥，京城必难攻陷，又恐遭围歼，便假作退兵“议和”之态，暗中却施行“反间计”，命高鸿中、鲍承先故意将俘获的太监杨春和李某置于帐中，故意让其窃听密议：“今日(皇)上退兵，乃袁(崇焕)巡抚意，不日伊即输城矣。”之后让太监“逃脱”，太监将假情报奏报崇祯皇帝，崇祯帝竟深信不疑。

　　十二月初一，崇祯帝以“议饷”为名，召袁崇焕、满桂、黑云龙等于宫中平台。指责袁崇焕“擅杀毛文龙”、“致敌兵犯阙”等事，将袁崇焕逮捕投入锦衣卫大牢。命总兵满桂总理关、宁兵马，祖大寿、黑云龙与马士龙等抗敌立功。关宁军闻讯哗然，“宣读圣谕，三军放声大哭”，祖大寿愤然而领兵出京。十六日，皇太极得知袁崇焕下狱，便率大军回师卢沟桥，明副将申甫率6000兵士抵抗，被后金军全歼。第二日，后金兵加强攻势，与明军激战于永定门，后金兵大噪齐进，突破栅栏，攻至城门。明军守城的4位总兵，满桂、孙祖寿战死，黑云龙、麻登云被擒。参将、游击等30多员战将阵亡，京城危在旦夕，江山社稷处于生死存亡关头。

　　此时，身在狱中的袁崇焕闻讯，毅然抛下个人荣辱安危，写信给祖大寿晓以得害，要其以民族大义为重，回救京师。兵部差人从狱中取得袁崇焕手书，使臣执书追到山海关外，祖大寿下马捧手书泣读，三军皆哭，遂领关宁铁骑回京，与后金军展开十数次激战，连连重创后金军。崇祯三年(公元1630年)正月，后金兵连遭重创，已无力围攻北京，皇太极只得撤兵返回沈阳。回师途中，后金军大肆抢掠，攻占了永平、滦州、迁安、遵化四城，并留军驻守各城。二月，加封祖大寿为太子太保。五月，祖大寿率军西进滦州，与后金军激战4昼夜，收复滦州，又一鼓作气，收复永平、迁安、遵化诸城。七月，朝廷再加封祖大寿为太傅，荫指挥同知。明军抗击后金大军付出惨重代价，保卫京师之战取得了“胜利”。

　　由此，一方面可以看出，崇祯继续重用反出京城的袁崇焕手下大将祖大寿，说明他对袁崇焕“通敌叛国”一说并不是很相信；但另一方面，古来就是“飞鸟尽，良弓藏；狡兔死，走狗烹；敌国灭，谋臣死”，祖大寿的连连报捷，却使崇祯认为抗击后金并非只有袁崇焕一人，诛杀袁崇焕的阴暗心理已向胆边膨胀。

　　袁崇焕缘何惨遭“磔刑”

　　袁崇焕的死因，近4百年来一直是个悬谜。明朝灭亡到清朝中叶，大抵有“通敌说”、“报仇说”、“冤杀说”，至153年后的清朝乾隆中期，又有“误杀说”、“中计说”，而袁崇焕故里却一直流传着“风水说”，但又不见于正史典籍。究竟袁崇焕死于何种原因，长期以来显得扑朔迷离，隐秘莫测，令人真假难辨，莫衷一是。

　　惨遭磔刑冤同武穆

　　崇祯帝要杀袁崇焕，权衡再三，觉得还是以“谋反”最为合适。按《大明律》规定，“谋反”、“谋大逆”者，不管主从犯，一律凌迟，祖父、父、子、孙。兄弟及同居的人，只要满16岁的都要处斩。只有将袁崇焕从“通敌谋反”定罪，自己才能不背上昏君冤杀大将的骂名。

　　但事情并不如崇祯所料。袁崇焕蒙冤入狱，令朝野震惊，一些正直大臣就争相谏疏，为其辩白。